تدور أحداث قصة الفيلم حول قضية مُغلقة في سفينة ما تُدعى ايجيس محمية من قِبل وزارة الدفاع اليابانية و بالتعاون كذلك مع وزارة الدفاع البحرية الذاتية , تبدأ القصة عندما يتم العثور على جثة أحد أعضاء قوات الدفاع البحري الذاتي ناقص الذراع الأيسر بعدما عرفواً أن هنالك جاسوس قد تسلل إلى السفينة نفسها ايجيس مسبباً اضطرابات و كذلك يضع ران في خطر مُحدق للغاية , يضطر كونان مع صديقه هيجي هاتوري لمواجهة هذا الجاسوس الغامض أو كما يُدعى بحرف اكس كـ دلالة على أنه غامض و مجهول بالإضافة إلى التعديل الجديد الذي قام به الدكوتور أجاسا على ساعة كونان.